Zipoli est né dans la petite ville toscane de Prato en octobre 1688.

En 1716, Zipoli se trouve devient jésuite le 1er juillet de la même année.et est envoyé dans les colonies espagnoles d'Amérique du Sud, alors qu'il est encore novice. Avec un groupe de missionnaires il arrive à Buenos-Aires en 1717. Il termine sa formation religieuse et ses études sacerdotales à Córdoba (1717-1724). Cependant, comme aucun évêque n'était disponible, il ne fut pas ordonné prêtre. Durant ces années il fut le Kapellmeister, un poste qui comprend les tâches d'organiste, de compositeur et de chef de chœur. Bientôt ses œuvres furent connues dans toutes les reducciones des territoires espagnols, du Paraguay au Pérou. Il meurt près de Córdoba en janvier 1726, âgé de 37 ans.

Ses œuvres connurent un grand succès auprès des peuples des reducciones, en particulier les Guaranis. Récemment certaines pièces de musique d'église composée plus spécifiquement pour les peuples des reducciones furent retrouvée dans des archives à Chiquitos. Pendant de nombreuses années sa musique fut jouée et chantée par des choeurs guaranis et autres. Fort appréciée de ses collègues jésuites elle eut également une grande influence sur d'autres compositeurs.